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Du lundi au vendredi, l'affluence est généralement moins importante que le samedi et le dimanche ; la matinée est donc souvent le meilleur moment pour visiter le musée si vous souhaitez profiter d'un peu plus d'espace dans ses couloirs étroits. Les avis recommandent le plus souvent d'y aller tôt dans la journée, en particulier pour les familles avec des poussettes ou les visiteurs qui préfèrent une visite plus tranquille.
Les samedis et dimanches peuvent être plus animés, et les après-midi pluvieux constituent le point noir le plus souvent cité, car davantage de familles se rabattent alors sur des activités d'intérieur. Si vous venez le week-end, essayez d'arriver dès l'ouverture plutôt que plus tard dans la journée, car les chambres exiguës et la petite aire de jeux peuvent alors sembler bondées.
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En été, l'affluence des touristes peut être plus importante dans le centre de Prague, et ce petit musée peut sembler plus bondé les week-ends d'été. Les jours de pluie, quelle que soit la période de l'année, entraînent également une augmentation de la fréquentation, car le musée est entièrement couvert ; c'est donc à ces moments-là qu'il est particulièrement judicieux de s'y rendre en début de journée.
L'hiver est une saison propice à une visite, car le musée constitue une étape idéale par temps froid et s'intègre facilement à un circuit dans le centre de Prague. En contrepartie, le mauvais temps incite davantage de familles à rester chez elles ; ainsi, les journées ensoleillées et les visites en début de journée sont généralement plus agréables que les après-midi pluvieux.